部分納品に対して「受取確認」をクリックすると、注文全体の支払いが販売者に送られますか？

いいえ。
部分納品に対して「受取確認」をクリックしても、注文全体の支払いは行われません。
支払いが行われるのは、実際に納品された分の金額のみです。

これは、受け取った商品のみを対象に適切な支払いが行われるようにするための仕組みです。